הנהלת חשבונות הוא תחום העוסק בתיעוד פעילותה הפיננסית של ישות חשבונאית באמצעות רישום התנועות הכספיות והלא כספיות שלה. בין עסקאות אלו ניתן למנות מכירות, רכישות, קבלות, הכנסות ותשלומים. ישנן שתי שיטות מקובלות לניהול חשבונות: מערכת הנהלת חשבונות חד-צדית ומערכת הנהלת חשבונות כפולה. עם זאת, ניתן לומר שכל סוג של רישום של עסקאות פיננסיות, מהווה ניהול חשבונות.

בדרך כלל, הנהלת החשבונות מבוצעת על ידי מנהל חשבונות. אין לבלבל בין הנהלת חשבונות לבין חשבונאות (ראיית חשבון) העוסקת, בין היתר, בדוחות הנבנים על בסיס התנועות שנרשמות במערכת הנהלת החשבונות.